Durch den mechanischen Pflanzenschutz (statt chemisch-synthetischen Pflanzenschutz) ist die Bio Landwirtschaft arbeitsintensiver.  Zudem fallen die Erntemengen im Vergleich zum konventionellen Landbau geringer aus. 

Damit sich der Boden erholen kann werden im Ökolandbau regelmäßig Pflanzen gewechselt, die unterschiedliche Ansprüche an den Boden haben. Zudem werden Pflanzen angebaut, die den Boden mit Stickstoff anreichern. Auch hierdurch werden die Erträge geschmälert. 

Bezogen auf die Fläche werden im Ökolandbau weniger Tiere gehalten. Zwar werden dadurch die Erträge reduziert, jedoch kann so für mehr Tierwohl und eine artgerechtere Haltung gesorgt werden. 

Da bei der Verarbeitung von Bio Produkten viele Zusatzstoffe nicht zugelassen sind, muss auf beispielsweise natürliche Zutaten aus biologischem Anbau zurückgegriffen werden. Dies macht die Verarbeitung komplizierter und teurer.

Um zu gewährleisten, dass hinter den Bio Siegeln auch wirklich Bio Betriebe stecken, werden jährlich kostenpflichtige Kontrollen durchgeführt. Zudem kann der Transport und auch die Lagerung von Bio Lebensmitteln mehr kosten, da diese Lebensmittel von konventionellen Lebensmitteln getrennt werden sollten, um eine Vermischung auszuschließen.