Erste Siedlungen sowohl in Hahnenklee (1569 erstmals urkundlich erwähnt) als auch in Bockswiese (1580 erwähnt) haben bereits im 16. Jahrhundert bestanden. Beide Orte haben im Bergbau ihren Ursprung, der im oberen Granetal und bis 1930 im oberen Grumbachtal betrieben worden ist. Es wird vermutet, dass der Herzog-Georg-Wilhelm-Stollen und der Hahnenkleer Stollen auf mittelalterliche Anfänge zurückgehen. Bergbau wurde vor allem entlang des erzreichen Bockswieser Gangzugs betrieben.
Die räumlich getrennt voneinander liegenden frühen Bergmannssiedlungen Hahnenklee und Bockswiese bildeten seit der Mitte des 19. Jahrhunderts eine politische Gemeinde, die den amtlichen Doppelnamen Bockswiese-Hahnenklee trug. Um 1800 lebten in Hahnenklee, das damals unmittelbar an der Heerstraße von Goslar nach Lautenthal lag, 100 Einwohner. Bockswiese bestand zu diesem Zeitpunkt lediglich aus einem Zechenhaus, in dem 20 Bewohner lebten. Im 19. Jahrhundert gehörte der Ort zum Amt Zellerfeld des Königreichs Hannover, welches seit 1866 als preußische Provinz Hannover fortgeführt wurde. Seit 1885 gehörte Bockswiese-Hahnenklee zum Kreis Zellerfeld. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts zählte Bockswiese-Hahnenklee 491 Einwohner, von denen 336 Einwohner in Hahnenklee lebten. Um Bockswiese und den bei Hahnenklee befindlichen Bocksberg ranken sich mehrere Sagen in Verbindung mit der früheren Hexenverfolgung.
Ende des 19. Jahrhunderts bekam der Fremdenverkehr eine immer größere Bedeutung. Die Ernennung zum staatlich anerkannten Kurort erfolgte 1882. Im Jahr 1900 wurden 5676 Kurgäste gezählt. Nach Einstellung des Bergbaus wurde der Tourismus – abgesehen von der Forstwirtschaft – zur nahezu einzigen Erwerbsgrundlage des Ortes.
Im Juni 1935 beschloss der Gemeinderat von Bockswiese-Hahnenklee, die bisherige Ortsbezeichnung umzudrehen, da Hahnenklee die Einwohnerzahl von Bockswiese überflügelt hatte. Seit jenem Jahr führt die Gemeinde ein vom Berliner Heraldiker Gustav Adolf Closs gestaltetes Ortswappen.
Während der späten Jahre des Zweiten Weltkrieges gab es viele Einquartierungen im Rahmen der Kinderlandverschickung. Darüber hinaus wurde Schwangeren aus den vom Bombenkrieg besonders bedrohten Großstädten eine weitgehend ungestörte Niederkunft in einem zur Entbindungsstation umgerüsteten Hahnenkleer Hotel angeboten. Dies führte in diesen Jahren zu für diese kleine Gemeinde besonders hohen Geburtenzahlen. In den vom NS-„Hilfswerk Mutter und Kind“ beschlagnahmten touristischen Einrichtungen wurden über 3600 Kinder geboren (Kurhaus Bockswiese – Entbindungsheim, Haus Maria – Entbindungsheim, Hotel Waldgarten – Entbindungsheim, Haus Niedersachsen – Erholungsheim, Haus Rische – Erholungsheim, Hotel Hahnenkleer Hof – Schwestern–Erholungsheim, Hotel Deutsches Haus – Erholungsheim). In einem separaten Teil des Entbindungsheims im Hotel Waldgarten befand sich eine Geburtsstation des Lebensborns, der berüchtigten NS-Einrichtung zur „Züchtung reinrassiger Arier“. Helene (Leni) von Radziewski war die aktenkundige Oberin des Hauses Waldgarten.
Zum Kriegsende füllte sich der Ort mit Flüchtlingen, überwiegend aus den ostdeutschen Gebieten. Kurz nach Kriegsende machte der Tod von 18 lettischen Säuglingen und Kleinkindern überregionale Schlagzeilen. Sie starben im Mütterheim „Victoria“ der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt (NSV). Die genauen Todesumstände wurden nie geklärt. Die überlebenden über 100 Kinder wurden in alle Welt verstreut.
Seit 1946 gehört Hahnenklee-Bockswiese zum Land Niedersachsen. Ab den 1950er Jahren boomte wieder der Tourismus und erreichte vermutlich in den 1970er Jahren seinen Höhepunkt. Zahlreiche Gäste aus dem norddeutschen Raum, aus Nordrhein-Westfalen, Berlin, Dänemark, den Niederlanden und Südschweden verbrachten in dem anerkannten heilklimatischen Kurort ihren Urlaub. In dieser Zeit entstanden auch viele Hotelneubauten mit entsprechend hoher Anzahl an Gästebetten. Zum Ende der 1980er Jahre begann bezüglich des Tourismus ein massiver Abwärtstrend, der sehr vielfältige Ursachen hat. Seit Mitte der 2010er Jahre erholt sich der Tourismus wieder etwas, wobei erhebliche Investitionen am Bocksberg und ein erneuertes Image des Ortes eine Rolle spielen.
Im Rahmen der allgemeinen niedersächsischen Gebietsreform wurde der Landkreis Zellerfeld aufgelöst. Die Gemeinde Hahnenklee-Bockswiese wurde dadurch am 1. Juli 1972 dem Landkreis Goslar angegliedert und in die Nachbarstadt Goslar eingemeindet.
